博士後流動站:生物學
兩個學科學術博士點培養中心:水生生物學、遺傳學、環境科學、海洋生物學(與汕頭大學合辦)
兩個學科學術型研究生培養點:動物學、水生生物學、遺傳學、環境科學、環境工程、水產養殖。
全日制專業研究生培養點:工學碩士(生物工程與環境工程領域)根據2016年6月研究所官網顯示，中國科學院水生生物研究所現有研究生475人，博士後42人，訪問學者10人。
2014年，該院畢業研究生107人，其中博士研究生65人，碩士研究生42人。學院向等13研究生獲2014昌化獎學金、武漢分院院長獎學金，曹等15研究生獲。