2008年，因為有人舉報於小蘭研究生學歷造假，於小蘭進入了紀檢部門的視線。經過大規模審計，小金庫終於浮出水面。面對訊問，於小蘭的解釋很諷刺。她說她不想腐敗。她從來沒說過小金庫是因為沒人問她，“我要問我的時候我才會說。”但是這個時候，案件的性質就完全不同了。雖然在案發時，小蘭並未動過東村公司賬戶內的3600多萬公款中的任何壹筆，但她隱瞞不報的行為足以證明挪用公款的主觀故意。
法院經審理認為，於小蘭身為國有企業公職人員，利用職務之便，非法占有公款，已構成貪汙罪，依法應予懲處。他的犯罪情節特別嚴重，按罪應判死刑。鑒於涉案違法所得已全部追繳，未造成經濟損失，依法可判處其死刑，不立即執行。
記者了解，之所以多次開庭，與控辯雙方分歧嚴重有關。在三次庭審中，於小蘭壹直認為自己是無辜的，辯護律師也壹直為她做無罪辯護。