山東中醫藥大學有三個校區:千佛山校區、長清校區和青島中醫學院。
2007年，學校從濟南市歷下區遷至扁鵲故裏長清，總占地面積2182畝，建築面積68萬平方米。全日制在校生23000余人，其中本科生18000人，研究生近5400人。學校有17個教學機構、5個科研機構、4個教學輔助機構，包括山東中醫藥大學附屬醫院、山東中醫藥大學第二附屬醫院、山東中醫藥大學眼科醫院、12個非直屬附屬醫院、31個教學醫院。