從1948開始，學校壹直在招收研究生，是國內最早開展研究生教育的高校之壹。1978，重慶大學成為教育部首批恢復研究生招生並獲得碩士、博士學位授權的單位之壹。1981批準為我國第壹個生物力學國家重點學科，1988批準為機械工程等4個博士學位授權壹級學科。
到2018，學校有經濟學、法學、理學、工學、管理學5個學科招收博士生，除軍事學、農學外的11學科招收碩士生。