思想政治教育學學科邊界研究存在學科定位不清、學科邊界模糊、學術研究水平不高、對學科功能和作用認識偏差等問題。
思想政治教育學科體系:思想政治教育學科與馬克思主義基本原理、中國化馬克思主義發展史、外國馬克思主義、中國近現代史基本問題等學科同屬於馬克思主義壹級學科。思想政治教育理論體系包括:思想政治教育基礎理論研究、思想政治教育形成與發展研究、思想政治教育方法理論研究和管理研究。
此外，在學科研究範圍方面:壹是思想政治教育的研究史和實踐史；第二，思想政治教育的基本理論；第三，思想政治教育的比較研究；第四，思想政治教育實踐及其創新發展的研究。