福建師範大學的研究生教育可以追溯到20世紀60年代。研究生在1978恢復。1981福建師範大學被國務院批準為全國第壹所具有碩士學位授予權的高校，1993被授予博士學位授予權。學校成立研究生部1984，研究生部1993，研究生教育學院2003，研究生工作部2005，研究生院2012。