學習方式不同:在職函授:在職函授以學生自學為主，面授為輔，即高校給學生發學習資料，最後通過自學考試達到畢業水平。在職研究生:在職研究生學習方式靈活多樣。學生可以選擇面授課程，即可以在學院或大學的指定地點上課，也可以選擇通過互聯網遠程上課，不受時間和地域的限制。
獲得的證書不同:在職函授:在職函授屬於本科或專科學歷，考生通過自學取得理想的畢業成績即可獲得相應的證書。在職研究生:在職研究生申請畢業的途徑有很多。學生以同等學力申請畢業可獲得碩士學位證書，申請專業碩士畢業可獲得碩士學位和研究生學位證書，申請中外合資畢業可獲得國外機構頒發的碩士學位證書。