南昌醫學院，經國務院學位委員會批準，具有博士學位、碩士學位和學士學位授予權，具有與研究生同等學力的人員有權授予碩士學位，也是開展臨床醫學和口腔醫學專業學位試點單位。學校的碩士點有生理學、細胞生物學、生物化學與分子生物學、人體解剖學與組織胚胎學、免疫學、病原生物學、病理學與病理生理學、內科學等。
南昌大學醫學院的博士項目有外科(燒傷)和內科(心血管疾病、血液病、呼吸系統疾病、消化系統疾病、內分泌代謝疾病、腎臟疾病、感染性疾病和風濕病)。