揚州大學的研究生教育始於1962，是1981年國務院批準的首批博士、碩士學位授予單位。1992以來，研究生教育規模發展迅速。目前全日制研究生3600多人，在職研究生3000多人。
揚州大學研究生教育堅持“擴大規模、提高質量”的工作方針，以穩定和持續提高研究生培養質量為基本目標，以培養具有創新理念、創新意識和創新能力的高層次人才為主線，努力構建健康良好的創新環境和平臺，積極構建省、校、院三級“研究生培養創新工程”體系，全面推進創新人才培養。“十五”以來，我校研究生教育取得了可喜的成績:2篇論文獲國家優秀博士學位論文，3篇論文獲國家優秀博士學位論文提名；13篇論文獲省級優秀博士學位論文，39篇論文獲省級優秀碩士學位論文；45個項目獲省級研究生科研創新計劃，6門研究生課程獲省級優秀研究生課程，3個“產學研”聯合研究生培養基地獲省級示範基地。