上海海事大學全日制研究生學費為7000元/年和8000元/年，全日制研究生學費為8000元/年、10000元/年和12000元/年，非全日制研究生學費為18000元/年。如有變動，以學校發布的最新消息為準。
上海海事大學有完善的研究生獎學金制度，覆蓋研究生教育的全過程。主要包括:(1)國家撥款；(2)新生獎學金；(三)免除學生獎學金；(4)學術獎學金；(5)國家獎學金；(六)各類專項獎學金；(7)企業獎學金；(八)三項崗位津貼等。
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