東南大學軟件學院成立於2001年12月，是教育部和原國家計委批準的首批35所“國家示範性軟件學院”之壹。從2002年春秋兩季開始，學院開始招收軟件工程專業的本科生和研究生。2007年11月，東南大學與蘇州市政府簽署協議，在蘇州獨墅湖高教園區建立東南大學(蘇州)軟件學院。學院秉承“止於至善”的校訓，旨在為國家培養高素質、高層次、國際化的軟件工程技術和工程管理專業人才。