學校設有中國語言文學系、哲學系、歷史系、文物與博物館系、外國語言文學系、法學院、國際關系與公共事務學院、新聞學院、經濟學院、管理學院、社會發展與公共政策學院、數學科學學院、物理系、化學系、高分子科學系、環境科學與工程系、信息科學與工程學院、軟件學院等。直屬院系28個，包括力學與工程科學系、生命科學學院、上海醫學院、公共衛生學院、藥學院、護理學院、國際文化交流學院、藝術設計系。
復旦大學研究生院成立於6月6日，1984，165438，上海醫科大學研究生院成立於10月25日，1985，均在研究生教育制度恢復後全國首批成立的22所研究生院之列。2000年4月，復旦大學與上海醫科大學合並，組建新的復旦大學，研究生院也並入新的復旦大學研究生院，從而形成了文史哲法、經、理、工、醫、管等學科齊全的綜合性研究生培養格局。