東京大學教育學研究部分為兩大學科:綜合教育科學和學校教育提升。
東京大學綜合教育科學專業分為基礎教育、比較教育社會學、職業學習基礎管理、大學管理政策、教育心理學、臨床心理學、體育學7個學院。
東京大學的學校教育專業包括師資開發、教育內容開發和學校開發三個學院。每個學院包含不同的系和課程。
京都大學教育學部成立於1949，大學教育學研究部成立於1953。1988京都大學設立了日本第壹個臨床教育學專業，所以臨床教育學和教育心理學也是學校的強勢專業。
京都大學研究生院教育學研究部專門設壹個專業，分為以下八個方向:教育哲學、教育方法論、臨床教育學、教育認知心理學、臨床心理學、教育文化學、比較教育政策、高等教育。