林業:林業、森林保護、森林培育、森林管理與規劃等。
生物學:生態學、微生物學、動植物學、生物技術等。
化學:林學、木材科學與技術等。
土木工程:土木工程、土木工程(結構工程)等。
電氣工程:電氣工程、電力系統及其自動化等。
計算機科學與技術:計算機科學與技術、計算機應用技術等。
環境科學與工程:環境科學、環境工程、生態工程等。
其他類:經濟學、工商管理等。
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南京林業大學的博士招生專業和碩士招生專業基本壹致，只是細分方向和課程設置不同。此外，南京林業大學還為留學生開設了壹些英語授課的研究生招生專業，包括林學、環境科學與工程、生態學等。