(1)學費
根據國家發展改革委、財政部、教育部《關於加強研究生教育學費標準管理及有關問題的通知》，自2014秋季學期起，高等學校向所有納入國家研究生招生計劃的新入學研究生收取學費。南京大學的具體收費標準參照教育部和江蘇省關於研究生教育學費標準管理的相關規定執行。全日制學術型碩士研究生和博士研究生學費標準原則上:現階段按照每生每學年不超過8000元和10000元確定。研究生學費標準為“新生新辦法，學生老辦法”，2014秋季學期前入學的研究生仍執行原學費政策。
(2)獎學金
南京大學為所有納入國家研究生招生計劃的應屆研究生設立“助學金”，每年金額6000元/人；對新錄取的優秀研究生，設立最高金額為10000元的“新生獎學金”；對二、三年級研究生，按壹定比例設立“學術獎學金”，額度5000元；研究生中，教育部有“國家獎學金”，額度2萬元；此外，學校還設有“教學助理、研究助理和研究經理”的命名獎學金和職位。