吉林大學研究生院成立於6月，1984。是國務院批準的全國22所重點大學首批試點研究生院之壹。
1996年3月，經原國家教委批準，成為首批正式成立的研究生院之壹。吉林大學的研究生教育起步較早，從1949開始，從1952開始招收三年制研究生，從1978開始培養學位研究生。
根據國務院關於高等教育管理體制改革和布局結構調整的決定，經教育部批準，2000年6月12日，吉林大學、吉林工業大學、白求恩醫科大學、長春理工大學、長春郵電學院合並組建新的吉林大學。2004年，原解放軍軍需大學並入吉林大學。
新成立的吉林大學，學位與研究生教育學科門類較為齊全，涵蓋哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、管理學、藝術學及交叉學科等13學科。目前壹級學科博士學位授權點49個。
壹級學科碩士學位授權點62個，新興交叉學科博士學位授權點3個，博士學位授權點8個，碩士學位授權點33個。有4個國家重點學科(涵蓋17兩個學科)，15兩個學科國家重點學科，4個國家重點(培育)學科。