皖南醫學院研究生教育擁有5個碩士學位授權點和6個專業學位授權類別，涵蓋基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、護理、藥學、公共衛生等學科，臨床醫學作為省級巔峰學科進入ESI全球排名前65，438+0%。
皖南醫學院是國家專業綜合改革試點單位、國家醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點單位、國家大學生校外實踐教學基地。2021年獲批安徽省基礎醫學拔尖學生培養基地。