1.課程沖突:在不同的大學學習博士項目，需要學生全心全意地參與研究和學術活動。同時在兩個地方讀博士點，會導致時間沖突，學習進度不壹致，影響學習成績和學習效果。
2.學位認證:馬來西亞和菲律賓的高等教育體系有不同的認證和認可標準。雙學位學習需要滿足兩國的標準和要求，相應的學分轉換和認證會增加學習的復雜性和難度。