北京協和醫學院研究生院(北京協和醫學院研究生院)成立於7月1986。北京協和醫學院和中國醫學科學院實行高校統壹管理體制，相互依托，優勢互補，教學科研相結合，面向全國承擔科研、教學、醫療三大任務。
學校是首批擁有博士學位和碩士學位授予權的單位之壹。目前有壹級學科博士點5個，二級學科博士點47個，二級學科碩士點58個，壹級學科國家重點學科2個，二級學科國家重點學科8個，三級學科國家重點學科2個，國家重點學科1個。每年授予博士的數量居全國醫學院校之首。