南京大學是中國最早招收和培養研究生的綜合性大學，原名國立中央大學、金陵大學。新中國成立後，南京大學恢復研究生招生1954。從65438到0978，南京大學再次成為全國首批恢復招收研究生的高校之壹。1995年初，國務院學位委員會辦公室、國家教委對全國33所研究生院進行綜合評估，批準正式成立南京大學研究生院。
南京大學研究生教育圍繞把南京大學建設成為世界壹流大學的總體目標，為南京大學研究生培養和合作科研開辟了廣闊的渠道。聯合國前秘書長布托·加利、美國前總統老布什、德國前總統約翰內斯·勞、澳大利亞前總理霍克等壹批著名政治家和社會活動家，以及著名科學家吳健雄、袁家騮、徐京華、斯蒂芬·穆勒等被授予榮譽博士學位。