在抓學科建設的同時,也高度重視學位點建設和研究生培養。2002年分析化學前四屆研究生全部考上博士,其中1人由中科院院士指導。2002年和2003年,有機化學和化學課程與教學論也分別招收了研究生。39名研究生全部取得碩士學位,就業率100%,其中17人考取博士,考試率43.6%。2005年,1篇論文被評為山東省優秀碩士學位論文,成為山東省首批優秀碩士學位論文。在校期間,研究生發表或接受科研論文147篇,其中SCI期刊89篇。目前有78名研究生。
2005年碩士學位申報中,化學壹級學科碩士學位順利通過評審,成為我校第壹個碩士學位。