東南大學始於1902建校的三江師範學校。之後經歷了兩江師範、南京師範大學、國立東南大學、國立中央大學等重要發展時期。
1952期間，全國高校院系調整，文理院系外遷。原國立中央大學工學院並入復旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學相關院系，南京工程學院在國立中央大學本部原址成立。5月1988，學校更名為東南大學。
2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通學院合並，南京地質學校合並，組建新的東南大學。
2021年9月2日，東南大學體育系被國家體育總局授予“2017-2020年全國群眾體育先進單位”稱號。
中國工程院院士(9名全職):禹衛、鐘訓政、李幼平、張耀明、程泰寧、黃偉、苗、張廣俊、王建國。
國家級有突出貢獻中青年專家(15):張、、尤小虎、、、、呂祖洪、、鄧、黃偉、、童欽義、盛兆漢、童琳蘇、王鳳泉。