1.北京大學:北京大學藥科大學藥物化學專業在國內享有盛譽，師資力量壹流，科研條件壹流。
2.中國藥科大學:中國藥科大學是我國藥學教育的重要基地，擁有雄厚的藥物化學專業實力和壹大批優秀的藥物化學人才。
3.南京中醫藥大學:南京中醫藥大學的藥物化學專業也有很高的水平，尤其是在中藥新藥研發方面。
4.上海交通大學:上海交通大學藥學院的藥物化學專業在國內外享有盛譽，師資力量和科研條件壹流。
5.浙江大學:浙江大學藥學院的藥物化學專業在國內享有很高的聲譽，培養了壹大批優秀的藥物化學人才。
6.武漢大學:武漢大學藥學院的藥物化學專業也是處於較高水平，尤其是在天然藥物化學的研究方面。
7.四川大學:四川大學華西藥學院藥物化學專業在國內享有很高的聲譽，培養了壹大批優秀的藥物化學人才。