海南醫學院在科研方面也取得了不錯的成績。學院承擔國家、省、市科研項目40余項，獲獎20余項。有10多項研究成果獲得國家和省級科技進步獎，為海南醫學院的學科建設和人才培養提供了堅實支撐。
海南醫學院的研究生也很受歡迎。近年來，海南當地許多醫療企事業單位與海南醫學院建立了穩定的合作關系，其中不少是高水平醫院承擔醫療科研工作的重要單位。此外，海南醫學院與國內外知名醫療機構和研究機構有很多聯合研究和學術交流項目，可以為學生提供更加豐富和多元化的就業選擇。