復旦大學軟件工程碩士(MSE)以市場為導向:突出課程設置、教學內容、培養方式、師資建設、教務管理、學生管理制度的市場化作用。即市場對軟件人才的需求和軟件人才對教育的需求。特別是深入行業領域，開展面向行業的人才培養。
個性化教育服務:采用在職學習模式，實行完全學分制和彈性學制，滿足學生多層次、多方面、個性化的需求。2-4年內，學生自主選課，完成12課程(36學分)，完成學位論文(4學分)並通過論文答辯，授予工程碩士專業學位。