1.學科定位:音樂系通常被歸為藝術類學科，而清華主要以理工科為主，並沒有把藝術學科作為重點發展方向。因此，音樂系在清華大學學科中的定位並不符合其整體發展戰略。
2.資源配置:成立音樂系需要投入大量的教學資源，包括師資、設備、場地等。由於清華還有其他人文社科學科，資源配置會有沖突，導致無法滿足音樂系的需求。
3.招生規模:音樂系招生規模較小，不能滿足清華大學整體招生計劃的需要。同時，音樂生通常需要更多的時間進行個人輔導和實踐，這與清華大學的整體教育理念相沖突。