中國科學院武漢病毒研究所(也是中國科學院院士):病毒界的元老。
武漢大學:微生物學在大學裏絕對壹流。
江南大學:微生物發酵方向無人能比。
山東大學:微生物發酵和理論也挺好的。
華中農業大學、南京農業大學、中國農業大學三大農業大學巨頭都有很好的微生物。
中山大學:在微生物生防方面很不錯，有生防國家重點實驗室。雲南大學:放線菌的研究很先進，有放線菌研究國家重點實驗室。
第二層次:復旦大學、南開大學、揚州大學、南京大學、浙江大學、廈門大學也有微生物學的研究，但可能和上面略有不同。
第三層次:西北農業大學，福建農業大學，天津輕工業學院等等相當於河南農業大學。此外，很多有實力的綜合性大學，如上海交通大學、華中科技大學，近年來在生物技術方面發展很快，在壹些研究方向上也是壹流的。