學校設有中國語言文學系、哲學系、歷史系、文物與博物館系、外國語言文學系、法學院、國際關系與公共事務學院、新聞學院、經濟學院、管理學院、社會發展與公共政策學院、數學科學學院、物理系、化學系、高分子科學系、環境科學與工程系、信息科學與工程學院、軟件學院等。直屬院系28個，包括力學與工程科學系、生命科學學院、上海醫學院、公共衛生學院、藥學院、護理學院、國際文化交流學院、藝術設計系。
復旦大學畢業的研究生中，14人獲得“中國有突出貢獻博士、碩士學位獲得者”稱號，其中22人在四屆全國百強博士學位論文評選中獲獎。復旦大學研究生以其深厚的知識素養、突出的實踐能力和積極的創新精神，受到用人單位的廣泛贊賞和接納。
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