1.培養方向不同:全日制學術型碩士教育以培養教學科研人才為主，授予的學位類型以學術學位為主；全日制專業碩士為了克服學術型碩士的軟肋，國家新培養了特定的高層次專業人才。
2.學習要求不同:根據我國相關規定，壹般碩士教育以培養教學科研人才為主，授予的學位類型以學術學位為主；專業碩士是具有專業背景的碩士學位，是為培養特定職業的高級專門人才而設置的。
3.學制不同:全日制專業碩士學制2至3年，其中實習不少於半年；全日制學術型基本以學習理論為主，學制3-5年，而在校主要課程基本相同，生活、學習、導師培養方式也相同。
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