1.地理位置不同:清華高等研究院在深圳，清華大學學校在北京。
2.教學側重點不同:清華深研院以國際化、開放性、創新性為特色，教學以課題和實踐課為主；清華大學大學側重於理論課的教學。
3.專業不同:清華高等研究院不開設語言文學、馬克思主義理論、教育學、公共管理等專業，但本系開設這些專業。
4.招生情況不同:清華深研院招生項目較少，以專科為主，更多集中在清華大學優勢學科，但有很多交叉學科項目可供選擇；論錄取難度，研究生院競爭激烈，尤其是優勢學科，但其經管類專業的競爭會比本部小。
5.師資不同:清華深研院的老師大多有海外教育或工作經歷，有相對前沿的國際視野，老師與企業的關系會更緊密；清華的老師更厲害，更全面。