醫院設有53個臨床和醫療科室，是省內科室齊全的綜合性醫療機構。有器官移植、肝膽胰、中西醫結合、燒傷、亞低溫治療、康復醫學6個省級研究中心；雲南省6個臨床重點專科:燒傷科、肝膽胰外科、泌尿外科、皮膚科、骨科、眼科；冠心病、腦血管病、泌尿外科、紅斑狼瘡、護理五個省級實驗室；肝膽胰疾病、燒傷、泌尿外科、微創外科、器官移植、重癥醫學、康復醫學等學科進入全國、全省領先行列；是國家藥物臨床試驗基地(含10專科)、雲南省化學中毒救治基地、住院醫師規範化培訓基地。
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