1.學費更貴:大部分高校規定全日制研究生可以獲得國家助學金和學術獎學金，而非全日制研究生沒有，部分非全日制專業的學費比同專業的全日制研究生還要高。以北航為例。材料工程專業全日制研究生壹年學費8000元，非全日制研究生15000元，貴了將近壹半。
2.部分專業的學制較長:非全日制研究生的學制也會比全日制長。以北航為例。該院電子與通信工程專業全日制研究生學制為2.5年，非全日制研究生學制為3年。
3.社會認可度略低於全日制研究生:這裏強調社會認可度，因為非全日制研究生的畢業證書在Xuexin.com上可以查到，和全日制研究生壹樣，是國家承認的研究生學歷。但由於非全日制研究生尚未普及，社會上對此類研究生的含金量仍有壹些質疑，也確實有不少企業要求全日制研究生。而非全日制研究生采取的是“嚴進嚴出”的政策，畢業生都具備研究生應有的水準，知識有保障。其實大家對非全日制研究生的質疑和當年對“專業碩士”的質疑是壹樣的，所以這種劣勢其實是可以通過時間逐漸減少的。