微生物工程，即發酵工程，是指利用微生物的某些特定功能，利用現代工程技術生產對人類有用的產品，或者直接將微生物應用於工業生產過程的技術。
發酵工程的內容包括菌種選擇、培養基配置、滅菌、種子擴大培養和接種、發酵過程和產物分離純化(生物分離工程)等。