學校的前身是成立於5月的上海東南醫學院，1926。1949年底，為響應中央華東局號召，東南醫學院遷至安徽省，成為安徽省第壹所醫學院。1952更名為安徽醫學院。1985更名安徽醫科大學。
截至2021，學校有梅山路、翡翠路、第四臨床醫學院、巢湖臨床醫學院、阜陽臨床醫學院五所學校(醫院)。校園占地2086畝，建築面積73.85萬平方米，教學科研設備總值6.63億元。直屬教學機構20所，直屬醫院13所，非直屬醫院7所。
截至2021年6月，學校有職業教育醫務人員15163人(含學校直屬附屬醫院)，其中高正395人，副高1052人。本部教職工1.400人，專任教師778人。專任教師中，94.37%具有博士、碩士學位，其中專任教師1.44，副高級教師426人。
在國際學術組織和SCI源期刊工作的有35人。7人擔任全國高校學會主席，12人入選教育部高等學校藥學學科教學指導委員會專家。8次擔任國家衛計委“十三五”教材主編。10多人獲得全國、全省模範教師、優秀教師稱號。
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