蘇州大學研究生院於2012年4月7日正式成立。這是教育部宣布取消設立研究生院行政審批後，第壹個由高校自主設立的研究生院。在中國高等教育史上，東吳大學的前身東吳大學最早開展研究生教育，授予碩士學位。
截止到2018和12期末，蘇州大學擁有51個壹級學科碩士點，24個專業碩士點。28個壹級博士點，1個專業學位博士點，29個博士後流動站；全日制碩士研究生11959人，在職專業碩士1726人，全日制博士研究生1788人，臨床醫生2146人。