1999年，經江蘇省教育廳批準，南京醫科大學聯合江蘇康達實業發展總公司創辦了江蘇省首批18公辦民辦二級學院之壹的康達學院。2005年，經教育部批準，南京醫科大學康達學院轉制為獨立學院。
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2008年，學院獲準獨立頒發本科畢業證。
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2010年9月，南京醫科大學與連雲港市人民政府全面合作協議在寧簽署。協議明確:在連雲港科教創業園內，設立公辦民辦獨立學院康達學院，連雲港市在土地、建設資金、運營資金等方面提供優惠辦學條件。雙方將合作培養各類醫學和科學人才，開展多種形式的學歷教育和非學歷教育。