西南大學的研究生教育始於20世紀50年代。1981年，學校被國務院批準為首批碩士、博士授予單位，培養了我國第壹位課程與教學論博士。西南大學建校以來，研究生教育在學科建設、導師隊伍、人才培養等方面全面快速發展，2011成立了研究生院。
目前，學校擁有3個國家重點學科(基礎心理學、特種經濟動物育種學、課程與教學論)，2個國家重點學科(生態學、果樹學)，39個省(市)重點學科，19個博士後科研流動站，28個壹級學科博士學位授權點，51個壹級學科碩士學位授權點。
擁有1個國家重點實驗室、1個國家重點實驗室培育基地、1個國家工程技術研究中心、7個教育部或農業部重點實驗室、2個國家野外科學觀測試驗站、3個教育部工程研究中心、2個國家創新引智基地、3個教育部創新團隊、1個教育部人文社會科學重點研究基地。