南京大學研究生院官網顯示，根據南京大學博士論文答辯及學位申請簡明流程，南京大學博士論文答辯及學位申請流程分為三個部分:提交院系材料、填寫教育部系統學位信息表、提交研究生院學位辦材料。
1.提交到系裏的材料主要有:學位申請(可使用電子簽名)、網上答辯的視頻錄像及關鍵截屏、學術成果清單(導師電子簽名)、系裏要求的其他材料。
2.5月31前填寫教育部系統學位信息表，網址為教育部學位信息和學位信息采集系統，賬號為學號，初始密碼為身份證號後6位。
3.向研究生院學位辦公室提交的材料主要有:學位論文終稿(PDF格式)，在網上服務大廳找到“論文提交申請-學生提交版”進行提交；學術成果，在研究生學位管理系統學術成果壹欄填寫提交；博士學位論文的評審材料在研究生學位管理系統的學術成果模塊中以成果的形式提交。