清華深圳研究生院就是這個系的壹個系。它不提供語言文學、馬克思主義理論、教育和公共管理專業，但它提供。清華深圳研究生院側重於項目和實踐課程的教學，本部側重於理論課程的教學。
研究生院以清華大學壹流工科學科為主，創新管理為輔，形成“6+1”學科領域，包括:能源材料、信息技術、醫療健康、海洋工程、未來人居、環境生態學、創新管理。