在檢查正文部分時，論文重復檢查系統會通過比較論文的內容，逐節檢查相似度，進而檢查論文的摘要和正文的重復情況。此外，論文重復檢查系統還會將論文與互聯網上的大量資源進行對比，以發現論文中可能存在的抄襲行為。
具體來說，論文查重系統通過比較文本內容的相似度來判斷是否存在抄襲。通常會用到各種查重算法，如余弦相似度、編輯距離等。，將重復的論文與現有數據庫中的論文進行比較，並獲得特定的相似性得分。此外，查重系統還會將論文中的參考文獻與數據庫中已有的文獻進行比對，找出重復引用，並與公共數據庫進行比對，找出待查重論文與已有文獻的相似度，從而判斷是否存在抄襲行為。
總的來說，論文查重系統是壹個比較智能的軟件，可以識別論文哪些部分是抄襲或重復的，哪些部分是原創的。但它並不完美，需要我們在查重後，對重復的內容進行仔細的審核和修改。