工程碩士:招收工程碩士研究生，以基礎理論學習和學術研究為主。
理科碩士:專攻理科(如數學、物理、力學、化學、生物學、天文學、地球科學等)的研究生。).
第二，主體不同。
工程碩士:工程碩士招收工程專業本科生。
理科碩士:理科碩士招收理科專業本科生。
擴展數據:
工程碩士專業學位與學位處於同壹層次，培養規格不同，培養目標差異明顯。
學位是按學科設立的，以學術研究為導向，強調理論和研究，培養大學教師和科研機構的研究人員。
專業學位以專業實踐為導向，重視實踐和應用，培養在專業和專門技術方面受過正規和高水平訓練的高級人才。
專業學位教育的突出特點是學術性和專業性緊密結合。獲得專業學位的人主要從事專業背景明顯的工作，如工程師、醫生、教師、律師、會計等，而不是學術研究。
專業學位和學術學位在培養目標上有各自明確的定位，因此在教學方法、教學內容、授予學位的標準和要求上都有所不同。
參考資料:
百度百科-理學碩士
百度百科-工程碩士