揚州大學的研究生教育始於20世紀60年代初，是國務院首批授權授予博士、碩士學位的單位。目前，學校擁有壹級學科博士學位授權點22個，碩士學位授權點47個。博士學位類別2個，碩士學位類別19個。
國家重點學科2個，國家重點學科1個，農業部重點學科1個，省優勢學科5個，省重點序列學科1個，省壹級學科6個，校級學科33個。博士、碩士研究生導師(含校外導師)2400余人。博士、碩士研究生萬余人，形成了學位與專業學位各具特色、協調發展的培養格局。
揚州大學始終以服務需求、提升質量為主線，堅持“改革、建設、管理”三位壹體原則，遵循“完善體系、提高質量、科教結合、支撐創新、適應需求、引領未來”的思路，以建設和完善研究型教育和管理體系為抓手，以合並學校以來首屆研究生教育工作會議的成功召開為契機，全面深化綜合改革，著力提升“三型壹型”。