壹級學科博士點:船舶與海洋工程、水產
壹級學科碩士點:交通運輸工程、船舶與海洋、水產養殖、生物學、食品科學與工程、體育學、應用經濟學、數學、中國語言文學。
專業碩士學位點:農業推廣碩士(食品加工與安全領域，農業信息化方向)和工程碩士(食品工程領域)
福建特色重點壹級學科:船舶與海洋工程、水產。
福建省重點壹級學科:船舶與海洋工程、水產、食品科學與工程、應用經濟學、交通運輸工程、體育、數學、漢語言文學。
集美大學的漁業、船舶和海洋工程是其最有實力的兩個學科。