鼓樓校區和仙林校區
仙林校區目前1-3年級，所有新生將住在仙林校區。仙林在地鐵2號線南京大學仙林校區站。
鼓樓校區是大四加研究生。鼓樓校區位於地鐵1線鼓樓(教學區附近)和珠江路站(宿舍區附近)。
不過，NTU正在考慮垂直搬遷，並積極準備將壹些部門整體搬遷到仙林。遠期規劃是搬到仙林，以仙林為主校區。
浦口以前是南京大學的校區，現在是南京大學金陵學院(不是成人教育，是成人教育在鼓樓辦學)，也就是所謂的三本獨立學院，和南京大學沒有直接關系。