東南大學軟件學院成立於2001年12月，是教育部和原國家計委批準的首批35所“國家示範性軟件學院”之壹。學院於2002年春秋兩季開始招收軟件工程專業的本科生和研究生。2007年11月，東南大學與蘇州市政府簽署協議，在蘇州獨墅湖高教園區建立東南大學(蘇州)軟件學院。
學院秉承“止於至善”的校訓，旨在為國家培養高素質、高層次、國際化的軟件工程技術和工程管理專業人才。
依托東南大學在計算機科學與技術、電子工程、半導體與集成電路設計、通信工程、自動控制、應用數學、經濟與貿易、工商管理、外語等學科豐富的教學資源和強大的科研實力，學院積極邀請國內外專家學者和知名企業的高級工程管理人員來院任教，逐步建立起骨幹教師與兼職教師相結合的教學團隊。