廣西醫科大學研究生教育始於1978，1981授予第壹個碩士學位。1984獲批第二批博士學位授權單位，1992具備推薦優秀應屆畢業生免試攻讀碩士學位資格。
學校擁有10省級重點學科，4個廣西高校重點實驗室，1廣西高校重點建設實驗室，3個博士後科研流動站。4個壹級學科具有碩士學位授予權，39個學科具有碩士學位授予權，碩士學位覆蓋率94.29%；9個學科擁有博士學位授予權，博士點覆蓋率為25.7%。
廣西醫科大學是廣西第壹個博士點、第壹個博士後科研工作站、廣西第壹篇入選全國優秀博士論文的博士論文。是具有學士、碩士、博士、博士後四個培養層次的高等醫學院校，是廣西醫學教育、醫學研究、臨床醫療和預防保健的中心。
2007年，我校學科建設取得兩大突破:壹是區域高危腫瘤早期防治實驗室獲教育部重點實驗室，二是腫瘤學獲國家重點(培育)學科。