1.理學院作為偏高等學府，科大的理科專業是他的強項。
理學院:
機械工程學院、材料科學與工程學院、電氣與自動化工程學院、計算機與信息學院、土木與水利工程學院、化學與化工學院、儀器科學與光電工程學院、建築與藝術學院、資源與環境工程學院、食品與生命工程學院、數學學院、物理學院、微電子學院、軟件學院、汽車與交通工程學院。
二、文科院校合肥工業大學也在文科專業設置了很多學院，擴大招生。
理工大學文學院:
馬克思主義學院、經濟學院、文法學院、外國語學院、管理學院、國際教育學院、體育部。
合肥工業大學各學院配備了眾多專業的教師和專業的教學工具，為學生創造了優越的學習環境。