東南大學創辦於1902三江師範學校。1921在南京師範大學的基礎上成立了國立東南大學，下設工科。後來工科經歷了國立第四中山大學工程學院、國立中央大學工程學院、國立南京大學工程學院等歷史時期。1952年全國院系調整，以原南京大學工學院為主體，並入復旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學相關院系，在中央大學原址建立南京工學院。
5月1988，學校更名為東南大學；2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通學院合並，南京地質學校合並，組建新的東南大學。
截至2019年3月，東南大學共有專任教師2899人，其中博士學位教師2434人，正、副高級職稱教師1959人，博士生導師987人，碩士生導師2094人。有兩院院士11人，歐洲科學院院士1人，國務院學位委員會第七學科評議組成員13人，國家“萬人計劃”專家37人，長江學者獎勵計劃教授62人，國家名師獎獲得者6人，“萬人計劃”名師5人，在全國範圍內都很突出。