敦煌研究院的前身是1944年成立的國家敦煌藝術研究院，1950年改組為敦煌文物研究院，1984年擴建為敦煌研究院。敦煌研究院是由國家文物局和甘肅省政府共同組建的敦煌學科研單位。
是保護敦煌石窟(莫高窟、榆林石窟、西千佛洞)、麥積山石窟、炳靈寺石窟、慶陽北石窟寺等文物機構的文物單位，也是旅遊接待單位。
常書鴻促成了國立敦煌藝術學院的成立。他視莫高窟為“家”，被譽為“敦煌的守護神”。這五個字刻在常書鴻先生的墓碑上。
2017年5月，在慶祝國際博物館日之際，國家壹級博物館授牌儀式在北京舉行，敦煌研究院成功晉級，成為國家文物局第三批新增34家國家壹級博物館之壹。
2065438年8月31日，由敦煌研究院等單位聯合制作的大型紀錄片《莫高窟與吳哥窟的對話》在敦煌國際會展中心首映。這部紀錄片的首映是第四屆絲綢之路(敦煌)國際文化博覽會的重要活動之壹，也是第九屆敦煌之旅-絲綢之路國際旅遊節的閉幕式。