1.綜合實力:根據中國大學排名，南京大學綜合實力較高，排名全國前六，北航排名全國第25位左右。這意味著南京大學在很多學科都有不錯的綜合表現。
2.專業設置:南京大學是文理兼備的綜合性大學，北航以工科為主。所以南京大學文科專業更有優勢。比如南京大學的物理和天文比較強，北航的計算機和電子信息比較強。
3.歷史背景:南京大學歷史悠久，最早可以追溯到1902年創辦的三江師範學校，文化底蘊豐厚。北航成立於1952。雖然有壹定的歷史，但是在這方面比較薄弱。
4.地理位置:南京位於江蘇省，地理位置優越，歷史文化底蘊深厚。北京航空航天大學位於北京。雖然也是全國政治文化科技中心，但地理位置與南京相比略顯不足。
5.國際聲譽:南京大學國際聲譽較高，國際交流合作項目較多。這有助於學生開闊國際視野，提高自身能力。所以南京大學比較好。